O NIPen é subordinado à Coordenadoria de Administração Penitenciária (COAPE), destinado a executar, coordenar, dirigir, orientar, produzir, difundir e integrar as atividades de inteligência penitenciária, no âmbito estadual, visando subsidiar a formulação de políticas e a execução das ações destinadas à manutenção da ordem no Sistema Penitenciário do Estado do Rio Grande do Norte.
O Núcleo é composto pela direção geral, setor de inteligência, setor de contra-inteligência, setor de análise de dados e do setor de operações de inteligência. À Direção Geral compete gerir, definir e planejar a execução das políticas de inteligência de competência da Coape, em consonância com os interesses do Sistema Penitenciário do Estado. O cargo de Diretor Geral é exclusivo de Agente Penitenciário em efetivo exercício.
De acordo com o secretário de Justiça, Kércio Pinto, o NIPen foi criado para fortalecer a estrutura da Coape e da Sejuc. “O serviço de inteligência nos fornecerá informações corretas e confiáveis para balizar um plano de ações voltado à desmobilização de qualquer articulação dentro do Sistema Penitenciário”, informou Kércio Pinto.